蛋白质晶体学中的直接法研究取得新的进展
图一、基于直接法的双空间SAD相位迭代推演
[Acta Cryst. (2004) D60, 1991-1996]
图中自左至右三个蛋白质Lysozyme, Azurin和Xylanase,用第一版的OASIS (2000)联合DM, RESOLVE, ARP/wARP等程序求解,所得结果示于图的上半部;如改用OASIS-2004联合DM, RESOLVE, ARP/wARP等程序进行“双空间SAD相位迭代推演”,由此自动构建的三个结构模型(示于图的下半部)其完整度都有成倍的提高。
图二、基于直接法的双空间MR结构模型迭代扩展
[Acta Cryst. (2007) D63, 793-799]
图中所示为蛋白质复合物E7_C–Im7_C的MR模型迭代过程。左边是由分子置换(MR)法求得的部分结构模型;右边是经过精修之后的“最终”模型。从MR模型出发用ARP/wARP-DM迭代,所得结构模型逐轮退化如图底部所示。及至第三轮还出现运行错误。但是,在ARP/wARP和DM之间加入OASIS-2006,则可以自动构建出相当于整体结构90%以上的结构模型,如图顶部所示。